Im Dezember des Jahres 1988 kam Uwe Schäfer, Jahrgang 1963, nach einigen Jahren Tätigkeit als Evangelist und Bibellehrer in Südafrika zurück nach Deutschland. Mit im Gepäck hatte er die Vision zur Gründung einer Gemeinde. Das dies so schnell und dazu noch in seiner Heimatstadt Wuppertal Wirklichkeit werden sollte, erstaunt noch heute.
In relativ kurzer Zeit konnte er weitere 30 Leute von dem Gedanken einer Gemeindegründung begeistern. Anfänglich trafen diese sich als Gebetskreis im Haus von Christel und Horst Schäfer, den Eltern von Uwe. Am 2. Februar 1989 wurde dann die "Christliche Gemeinde Wuppertal e.V.", mit der gesetzlich vorgeschriebenen Mindestanzahl von Gründungsmitgliedern eingetragen. Den Vorstand der Gemeinde bildeten damals Uwe Schäfer, Christel und Horst Schäfer und der spätere Co-Pastor Jürgen Klein.
Der erste offizielle Gottesdienst konnte dann Ende Februar 1989 in einem Raum im "Stadtbad auf der Bleiche" gefeiert werden. Viele Freunde und Bekannte waren gekommen, so dass etwa 80 Menschen dieses Ereigniss gemeinsam erlebten. In den folgenden Wochen bildete sich ein Kern von etwa 40 Gottesdienstbesuchern heraus, der bis Ende 1989 auf rund 100 Personen anwuchs. Es waren Bekehrungen und Taufen zu verzeichnen und die Gemeinde festigte sich Stück für Stück.
1990 stand dann ein Umzug an. Neues Domizil für die nächsten Jahre wurden Räumlichkeiten in der Dahler Straße 22, einer ehemaligen Lackfabrik. Nach umfangreichen Umbauarbeiten in Eigenregie wurden dort Gottesdienste mit bis zu 150 Besuchern gefeiert. Durch ein stetiges Ansteigen der Besucherzahl war auch hier der Saal schnell überfüllt, so dass ab 1991 ein zweiter Gottesdienst am Nachmittag notwendig wurde.
Prägend für die Anfangsjahre der CGW war es auch, dass immer wieder Christen mit unterschiedlichen Hintergründen zur Gemeinde stießen. Wuppertal und die umliegenden Städte erlebten in dieser Zeit einige charismatische Aufbrüche, von denen sich viele jedoch nicht nachhaltig als Freikirchen etablieren konnten - die betreffenden Menschen fanden in der CGW eine Heimat.
1991 fand die erste CGW-Weltmissionskonferenz statt; die Gemeinde sah früh ihren Auftrag nicht nur auf Wuppertal begrenzt, sondern weit darüber hinaus bis an "die Enden der Erde".
Auf der Suche nach Einbindung und geistlicher Heimat schloss sich die Gemeinde 1994 dem Bund Freikirchlicher Pfingstgemeinden KdöR (BFP) an. In diesem Zusammenhang wurde auch die Namensänderung von Christliche Gemeinde Wuppertal in Christus Gemeinde Wuppertal vorgenommen.
Durch das fortlaufende Ansteigen der Gottesdienstbesucher und Gemeindemitglieder wurde 1993 ein neuerlicher Umzug notwendig. Trotz zweier Gottesdienste reichte die Kapazität nicht mehr aus. Abhilfe schaffte ein weiterer Umzug in eine benachbarte Halle einer ehemaligen Wäscherei in der Dahler Straße 24. Nach Sanierung und Umbau der Halle fanden dort 400 Besucher Platz. Nach kurzer Zeit musste wieder ein zweiter Gottesdienst am Nachmittag angeboten werden um dem Andrang im positivsten Sinne zu entsprechen.
Als mit den Jahren auch hier der Platz trotz zweier Gottesdienste pro Sonntag eng wurde, erwarb die Gemeinde schließlich im Jahr 2005 das aktuelle Domizil in der Windhukstraße 102. Wieder waren es ehemals industriell genutzte Gebäude, die umgebaut wurden. Nach einer intensiven Bauphase konnte im September 2007 der erste Gottesdienst im neuen Gemeindesaal gefeiert werden, der aktuell bis zu 800 Menschen Platz bietet.
Mit der Gemeinde wuchs auch das Pastorenteam: neben dem Gründer Pastor Uwe Schäfer stieg bereits 1992 Jürgen Klein als zweiter Pastor vollzeitlich mit in die Gemeindearbeit ein. Durch gute Aufgabenverteilung zwischen Uwe und Jürgen konnte der Aufbau der noch jungen Gemeinde sehr positiv voran gebracht werden.
Als im Dezember 2001 die Übernahme der Leitung des Christus Zentrums Augsburg an Jürgen Klein herangetragen wurde, musste ein Ersatz für die vakant werdende Pastorenstelle gefunden werden. So kam Anfang 2002 Pastor Carsten Buck neu hinzu.
Da mit wachsender Gemeinde auch immer mehr junge Menschen kamen, entschloss man sich einen "speziellen" Pastor für die junge Generation abzustellen. Der wurde in der Person von Pastor Tim Sukowski gefunden. Er baute die Jugendkirche "TRAX" neu auf und rief die mehrere Male im Jahr stattfindenden evangelistischen "X2C" Jugendgottesdienste ins Leben, die heute einen durchschnittlichen Besuch von 700 Jugendlichen haben.
Mit Übernahme der Jugendarbeit im Jahr 2005 durch Pastor René Brede veränderte sich Tim´s Aufgabengebiet. Bis zu seinem Ausscheiden im Juli 2008 arbeitete er wesentlich am strukturellen Wandel der Gemeinde, unter anderem an einer Neuausrichtung der Kleingruppenstruktur. Im August 2008 wurde Tim Sukowski zum Gemeindeleiter der Freien Christengemeinde Wunstorf berufen. Ebenfalls im Sommer 2008 wurde Bob Stübner in das Pastorenteam berufen.
Im September 2009 sah sich Uwe Schäfer aufgrund gesundheitlicher Probleme gezwungen, seine Position als Gemeindeleiter aufzugeben und nahm eine halbe Stelle im Christus-Centrum Troisdorf an.
Im Dezember 2009 wurde Friedhelm Holthuis als neuer Gemeindeleiter berufen und begann seinen Dienst im Mai 2010. Im Sommer 2010 wurde René Brede zum Co-Pastor der Freien Christen Gemeinde Wunstorf berufen. Seine Aufgaben wurden von Pastor Christian Knorr übernommen, welcher im Dezember 2010 Teil des Pastorenteams wurde.
Das aktuelle Pastorenteam bilden somit Friedhelm Holthuis, Carsten Buck, Christian Knorr, Petra Alvarez Muñoz und Bob Stübner, die zusammen mit der Leiterschaft und den vielen Mitarbeitern der CGW weiterhin daran arbeiten, dass die CGW zu einer missionarisch relevanten und gesellschaftlich prägenden Kirche am Puls unserer Zeit wird.